A BEE4 tem uma área de Autorregulação que monitora, de forma contínua, todas as operações realizadas no ambiente de negociação de ações (mercado de balcão organizado). O objetivo é identificar eventuais ações prejudiciais ao bom funcionamento do mercado, tais como: manipulação de preço, realização de operações fraudulentas, uso de práticas que não promovam a equidade nas negociações e criação artificial de demanda. Em casos de suspeitas de irregularidade, a BEE4 abre investigação. A supervisão das operações traz segurança aos investidores e às empresas listadas, garante a transparência das operações e dos preços e inibe a ação de participantes mal-intencionados. Esse tipo de supervisão é obrigatório na BEE4, pois é uma prática exigida em mercados regulados.
A BEE4 adota as melhores práticas de governança e autorregulação, submetidas e aprovadas pelo órgão regulador (CVM). A área de Autorregulação é autônoma e independente da gestão da companhia, reportando-se diretamente ao Conselho de Autorregulação e ao Conselho de Administração da BEE4. Compete a essa área não apenas a supervisão das operações no mercado, mas também as operações realizadas com intermediários, que passam ainda por uma auditoria. É atribuição da área de Autorregulação a prestação de informações sigilosas à CVM ou a outras autoridades (quando solicitadas), a análise de eventuais conflitos de interesses e o cumprimento do Mecanismo de Ressarcimento de Prejuízos (MRP). Por esse mecanismo, investidores que se sintam prejudicados podem solicitar ressarcimento por prejuízo causado por ação ou omissão de intermediários que operam, como corretoras e distribuidoras, ou pelo próprio ambiente de negociação da BEE4. O MRP é um diferencial de mercados organizados.